ภาควิชาเภสัชกรรมปฏิบัติ คณะเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร ได้ก่อตั้งขึ้นพร้อมกับคณะเภสัชศาสตร์ โดยแรกเริ่มเป็นโครงการรับนิสิตเข้าศึกษาในหลักสูตรเภสัชศาสตร์ในปี พ.ศ. 2535 ตั้งแต่ปีการศึกษา 2536 เป็นต้นมาเริ่มจัดการสอนในรายวิชาที่รับผิดชอบในหลักสูตรเภสัชศาสตรบัณฑิต หลักสูตร 5 ปี ในปี พ.ศ. 2538 คณะเภสัชศาสตร์ ได้ปรับปรุงหลักสูตรครั้งแรก เพื่อให้มีความเหมาะสมกับความต้องการของวิชาชีพ และต่อมาได้ปรับปรุงหลักสูตร พ.ศ. 2539 ในปีการศึกษา 2540 คณะเภสัชศาสตร์เริ่มจัดการเรียนการสอนในหลักสูตรเภสัชศาสตรบัณฑิต สาขาบริบาลเภสัชกรรม ใช้ระยะเวลาในการศึกษา 6 ปี เป็นหลักสูตรที่ถือกำเนิดจากปรัชญาบริบาลเภสัชกรรม (Pharmaceutical care) ซึ่งเป็นการให้บริการทางเภสัชกรรมที่ยึดเอาผู้ป่วยเป็นจุดศูนย์กลาง นับเป็นหลักสูตรแรกในประเทศไทยและในทวีปเอเชีย ในระยะแรกเริ่มดำเนินการในระบบเทียบโอนเพื่อเป็นปริญญาที่ 2 ก่อน ต่อมาในปีการศึกษา 2542 ได้เริ่ม จัดการเรียน การสอนในหลักสูตรเภสัชศาสตรบัณฑิต สาขาบริบาลเภสัชกรรม หลักสูตร 6 ปี ควบคู่ไปกับระบบเทียบโอนเพื่อเป็นปริญญาที่ 2 ที่เปิดรับเฉพาะผู้ที่จบเภสัชศาสตรบัณฑิต 5 ปี หลักสูตรเภสัชศาสตรบัณฑิต สาขาบริบาลเภสัชกรรม (หลักสูตร 6 ปี) ได้มีการปรับปรุงแก้ไขอีกครั้งเมื่อปี พ.ศ. 2545 เพื่อให้เกิดบูรณาการ และลดความซ้ำซ้อนของเนื้อหา เป็นหลักสูตรเภสัชศาสตรบัณฑิต สาขาบริบาลเภสัชกรรม หลักสูตรปรับปรุง พ.ศ. 2545 และได้มีการแก้ไขอีกครั้งหลักสูตรอีกครั้ง เฉพาะในรายวิชาศึกษาทั่วไปเพื่อให้สอดคล้องกับนโยบายของ สำนักงานคณะกรรการอุดมศึกษาในปี 2547

         นอกจากนี้ คณะเภสัชศาสตร์ได้จัดการเรียนการสอนหลักสูตรใหม่อีกหนึ่งหลักสูตร คือ หลักสูตรวิทยาศาสตร์เครื่องสำอาง พ.ศ. 2547 โดยเริ่มรับนิสิตเข้าศึกษาครั้งแรกในปี 2548 การจัดการเรียนการสอนในระดับบัณฑิตศึกษา

         ในปีการศึกษา 2543 คณะเภสัชศาสตร์ได้เปิด 2 หลักสูตร ได้แก่หลักสูตรเภสัชศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาเภสัชศาสตร์ หลักสูตรนานาชาติ (Master of Pharmacy in Pharmaceutical Sciences) ละหลักสูตรเภสัชศาสตรมหาบัณฑิต สาขาเภสัชกรรมชุมชน (Master of Pharmacy in Community Pharmacy) ในปีการศึกษา 2544 ได้เปิดหลักสูตรวิทยาศาสตรดุษฎีบัณฑิต สาขาเภสัชศาสตร์ หลักสูตรนานาชาติ (Doctor of Philosophy in Pharmaceutical Sciences)

         ในปีการศึกษา 2545 ได้เปิดหลักสูตรระดับบัณฑิตศึกษา 2 หลักสูตร คือ หลักสูตรวิทยาศาสตรมหาบัณฑิต สาขาเภสัชศาสตร์ (Master of Science in Pharmaceutical Sciences) และหลักสูตรวิทยาศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาวิทยาศาสตร์เครื่องสำอาง (Master of Science in Cosmetic Sciences)

         ในปีการศึกษา 2550 ได้ปิดหลักสูตรเภสัชศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาเภสัชศาสตร์ หลักสูตรนานาชาติ โดยหยุดรับนิสิตตั้งแต่ปีการศึกษานี้เป็นต้นไป และได้เปิดหลักสูตรเพิ่มอีก 4 หลักสูตรที่มีเอกลักษณ์และเฉพาะสาขาวิชายิ่งขึ้น ได้แก่ หลักสูตรวิทยาศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาเภสัชวิทยาและวิทยาศาสตร์ชีวโมเลกุล หลักสูตรนานาชาติ (Master of Science Program in Pharmacology and Biomolecular Sciences) หลักสูตรวิทยาศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาเภสัชเคมีและผลิตภัณฑ์ธรรมชาติ หลักสูตรนานาชาติ (Master of Science Program in Pharmaceutical Chemistry and Natural Products) หลักสูตรเภสัชศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาเภสัชกรรม หลักสูตรนานาชาติ (Master of Pharmacy Program in Pharmaceutics) และหลักสูตรเภสัชศาสตรมหาบัณฑิตสาขาบริบาลเภสัชกรรม (Master of Pharmacy Program in Pharmaceutical Care) คณะเภสัชศาสตร์ยังเป็นสถาบันหลักร่วมกับ สภาเสภัชกรรมในการอบรมเภสัชกรผู้เชี่ยวชาญเฉพาะทาง (อนุมัติบัตรและวุฒิบัตร) ซึ่งทางภาควิชามีส่วนร่วมรับผิดชอบในการดำเนินงานจัดการเรียนการสอนโดยตลอด