ภาควิชาเทคโนโลยีเภสัชกรรม คณะเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร ได้ก่อตั้งขึ้นพร้อมกับคณะเภสัชศาสตร์ ในปี พ.ศ. 2535 เริ่มจัดการสอนในรายวิชาที่รับผิดชอบในหลักสูตรเภสัชศาสตรบัณฑิต หลักสูตร 5 ปี ตั้งแต่ปีการศึกษา 2536 เป็นต้นมา และเพื่อให้มีความเหมาะสมกับความต้องการของวิชาชีพ ทางคณะเภสัชศาสตร์ได้ทำการปรับปรุงหลักสูตรในปี พ.ศ. 2538 และ 2539 ต่อมาในปีการศึกษา 2540 เริ่มจัดการเรียนการสอนในหลักสูตรเภสัชศาสตรบัณฑิต สาขาบริบาลเภสัชกรรม ซึ่งเป็นหลักสูตรที่ถือกำเนิดจากปรัชญาบริบาลเภสัชกรรม (Pharmaceutical care) ซึ่งเป็นการให้บริการทางเภสัชกรรมที่ยึดเอาผู้ป่วยเป็นจุดศูนย์กลาง นับเป็นหลักสูตรแรกในประเทศไทยและในทวีปเอเชีย ในระยะแรกเริ่มดำเนินการในระบบเทียบโอน ต่อมาในปีการศึกษา 2542 ได้เริ่มจัดการเรียนการสอนในหลักสูตรเภสัชศาสตรบัณฑิต สาขาบริบาลเภสัชกรรม หลักสูตร 6 ปี ในปีการศึกษา 2543 คณะเภสัชศาสตร์ได้เปิดหลักสูตรระดับบัณฑิตศึกษา 2 หลักสูตร ได้แก่หลักสูตรเภสัชศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาเภสัชศาสตร์ หลักสูตรนานาชาติ (Master of Pharmacy in Pharmaceutical Sciences) และหลักสูตรเภสัชศาสตรมหาบัณฑิต สาขาเภสัชกรรมชุมชน (Master of Pharmacy in Community Pharmacy) ในปีการศึกษา 2544 ได้เปิดหลักสูตรวิทยาศาสตรดุษฎีบัณฑิต สาขาเภสัชศาสตร์ หลักสูตรนานาชาติ (Doctor of Philosophy in Pharmaceutical Sciences) ในปีการศึกษา 2545 ได้เปิดหลักสูตรระดับบัณฑิตศึกษาเพิ่มอีก 2 หลักสูตร คือ หลักสูตรวิทยาศาสตรมหาบัณฑิต สาชาเภสัชศาสตร์ (Master of Science in Pharmaceutical Sciences) และหลักสูตรวิทยาศาตร-มหาบัณฑิต สาขาวิทยาศาสตร์เครื่องสำอาง (Master of Science in Cosmetic Sciences) ซึ่งทางภาควิชามีส่วนร่วมรับผิดชอบในการดำเนินงานจัดการเรียนการสอนโดยตลอด